目前，动物研究所拥有3个国家重点实验室、2个院重点实验室和1个国家动物博物馆，动物系统学与进化、保护生物学、整合生物学、生殖生物学、细胞膜生物学等在国家、院层面具有鲜明学科特色；农业虫鼠害可持续控制，外来物种及野生动物疫病预警与防控、生殖避孕与动物克隆、珍稀濒危动物保护等方面具有明显的优势，并符合国家战略需求，在生殖生物学、保护生物学、整合生物学、系统进化等科学研究的前沿领域也取得多项基础性、前沿性的重大创新性贡献。2002-2007年，动物研究所（第一主持单位）有5项科技成果获得国家科技奖，获奖数量在院生物类研究所中排名第一。

　　根据中国科学院图书信息中心检索结果，2005-2007年动物研究所发表的通讯作者SCI论文数位居全球主要动物学研究机构第1位，影响因子总和位居第3位，仅居英国牛津和剑桥大学动物学院之后。

　　根据中国科学院生命科学与生物技术局发布的“中国科学院生物类研究所论文与引文统计（2002-2007）”报告，动物研究所在SCI第一著者论文收录中从2002年的117篇上升到2007年的233篇，6年间提高了一倍，动物研究所的各项统计排名均位居前列。报告中的人均收录论文情况显示，SCI、SSCI、ISTP、EI期刊中共收录动物研究所1408篇论文，人均5.48篇，排名第二；CSCD期刊共收录动物研究所1610篇，人均6.27篇，排名第三。动物研究所SCI全部著者论文收录1392，其中717篇被引用4448次，排名第五；SCI第一著者论文收录1062篇，其中541篇被引用2725次，排名第四。

　　目前，动物研究所共有院士3人，国家“千人计划”人才1人，“百人计划”人才33人（包括按照“百人计划”管理的杰出青年基金获得者），杰出青年基金获得者20人，973项目/重大研究计划首席专家6人，国家级有突出贡献青年科学家奖获得者3人，百千万人才工程国家级人选14人，香港求是科技基金"杰出青年学者"奖1人，教育部"跨世纪人才资助计划"入选者1人，院级有突出贡献青年科学家奖或院级优秀青年科学家奖获得者5人，国际组织执委以上任职65人次，国际期刊编委46人次。还有12位科学家是农业部、林业局、科技部、国家基金委、环保部、青海、安徽、新疆等省部级专家和顾问。

　　在所班子的带领和组织下，经过研究所和实验室有关人员的共同努力，经过激烈竞争，动物研究所动物生态与保护生物学重点实验室和动物进化与系统学重点实验室分别于2006年和2008年顺利晋升为院重点实验室。

　　在重要研究论文和产出方面，近年来一批高水平研究成果的问世极大地提高了动物研究所的学术影响和学术地位。

　　在干细胞研究方面，2009年7月23日，Nature在线刊发了周琪研究员领导的研究组和上海交通大学医学院曾凡一研究员领导的研究组的研究成果，首次利用iPS细胞（诱导性多能干细胞，是由体细胞诱导而成的干细胞，具有和胚胎干细胞类似的发育多潜能性）通过四倍体囊胚注射得到存活并具有繁殖能力的小鼠，从而在世界上第一次证明了iPS细胞的全能性，为进一步研究iPS技术在干细胞、发育生物学和再生医学领域的应用提供了技术平台。2008年4月15日，陈大华研究员有关干细胞命运调控的研究成果“Otefin, a nuclear membrane protein, determines the fate of germline stem cells in Drosophila via interaction with Smads complexes”在国际著名的发育生物学杂志Developmental Cell上发表，首次提出了核膜蛋白（Ote）参与果蝇干细胞命运的调控，为解析人类核膜蛋白编码基因缺失相关疾病(早衰)发病机制提供了线索。

　　在生物医学研究方面，李培峰研究员以大鼠乳鼠的原代心肌细胞为模型，系统研究了ARC蛋白在心肌细胞肥大和心肌细胞凋亡中的调控作用，研究成果在2008年刊登在一系列较高水平的国际杂志上，包括Circulation（IF=12.755），Molecular and Cellular Biology（IF=6.42）和Journal of Biological Chemistry（IF=5.581）。

　　在有害生物防治方面，张知彬研究员与挪威奥斯陆大学的一项合作研究表明温度对东亚飞蝗暴发的生态学效应可能是周期或频率依赖的，该研究成果发表在2007年10月的PNAS上。该项合作研究发现蝗灾发生程度与温度呈显著负相关,说明大尺度全球气候变暖对蝗灾的发生可能是不利的，该发现的主要意义在于提示气候因子可能同时具有功效相反的高频（短周期）和低频（长周期）生态效应，需要在气候变化生态学研究中应当给予重视。

　　在珍稀濒危动物保护方面，魏辅文研究员有关“大熊猫种群数量非损伤遗传学调查方法及其应用”的研究成果被CURRENT BIOLOGY（IF=11）以封面论文发表，得到NATURE和SCIENCE的高度评述，其发表在Molecular Biology and Evolution(IF=6.3)的研究成果“证实大熊猫仍存在较高的遗传多样性和进化潜力”入选2007年度“中国基础研究十大新闻”，研究表明大熊猫并非是处于进化历史尽头的孑遗物种，这修正了长期以来公众对大熊猫前途命运的认识。大熊猫的濒危是由于自身以外的因素所造成的，而人类应为其种群濒危负有不可推卸的责任。2008年4月17日，Nature以“Tibetan wildlife is getting used to the railway”为题，报道了动物研究所杨奇森研究员有关青藏高原藏羚羊的研究工作，根据科学家的长期实地观测，藏羚羊已基本适应了青藏铁路野生动物迁徙通道，以事实澄清了国际上对青藏铁路与藏羚羊和谐共存的质疑。