随着国家对青藏铁路的各项专项验收工作相继启动，青藏铁路国家竣工验收工作拉开序幕。青藏铁路各项专项验收工作主要包括环保(含水保)、档案、消防、土地、卫生保障和冻土长期观测系统。5月30日至6月1日，国家环保总局和铁道部组织国内著名的生态、植物、环境等专家构成的上百人国家验收组，首次全面系统地检查、评价青藏铁路建设过程中落实环评要求的情况，动物所杨奇森研究员参加了此次验收。在正式验收前，国家环保总局已经委托国家环保总局环境工程评估中心，会同铁道科学院、中国科学院生态中心组成调查人员，从去年5月份开始，历时1年已进行了验收前的实地踏勘，完成了《青藏线格尔木至拉萨段工程竣工环保验收调查报告》。以上述报告为基础，百人验收组实地考察后，6月1日在西藏拉萨召开验收大会，宣布青藏线通过了环保验收。

中国科学院动物研究所兽类学研究组自2003年起承担了青藏铁路环境影响评价（野生动物部分）、青藏铁路野生动物通道设计、青藏铁路施工期铁路沿线野生动物监测等项目。自2004年起，研究组重点对青藏铁路沿线?羚跨越铁路及野生动物通道进行了系统连续监测，为野生动物通道的评价和环保验收提供了大量科学数据。野生动物保护是青藏铁路修建过程中，关注度最高的话题。为此，铁路设计中精心考虑了33处野生动物通道。验收报告第四点结论显示：这些通道对沿线野生动物的迁徙和种群交流起到了积极的作用，藏羚羊正逐步熟悉利用野生动物通道迁徙。工程运营后，为了保证列车运行和野生动物“双安全”，2006年9月起对7处缓坡通道进行了暂时性封闭。观测结果表明，缓坡通道的封闭未对藏羚羊的迁徙产生大的影响，藏羚羊、藏野驴正在逐渐适应从桥梁下方通过。

目前动物所承担的有关青藏铁路运营期铁路沿线野生动物的监测项目正在继续。