2004年12月7日，科技部中国科学技术信息研究所公布了2003年度中国科技论文统计结果。在全国的科研机构中，动物所2003年发表SCI论文157篇，排名第15；发表国内论文299篇，排名第2；在生物学领域SCI论文排名位居第4（含高等院校）；与2002年统计数据相比，三项指标均有提高。至此，动物所已连续两年国内论文和SCI论文篇数进入国内科研机构前20名。

近年来，在我院知识创新工程的推动下，动物所通过凝炼科技创新目标、调整科技布局、实施创新人才战略、建立客观的绩效评价体系和新型研究所运行机制，使研究所的科技创新能力得到了显著提升。“草原蝗虫生态学研究、”“农田重大害鼠成灾规律及综合防治技术研究”和“中国经济昆虫志”连续获得国家自然科学和科技进步奖、在科研论文产出数量连年增加的基础上，论文质量明显提高，一批高质量的研究论文分别发表在国际著名刊物和本领域顶尖刊物上，如Science, PNAS, Trends in Ecology & Evolution, Oikos，Oncogene 和Biology of Reproduction等、与法国农业研究中心合作在世界上首次成功成功克隆大鼠、首次克隆牛群体获得成功、开发的生物农药获得农业部农药登记证书、SARS DNA疫苗构建和禽流感研究均获得了重要进展。

2001?2003年统计结果具体如下：